一些啤酒酿造商选择二次发酵。这通常会使成品看起来更干净，味道也更干净。在二次发酵中，在最初的剧烈发酵停止后，将发酵麦汁转移到第二个容器中。原因是，一旦发酵开始减慢，酵母就会随着大量的蛋白质块状物（沉淀物）沉淀下来，如果仍在发酵的麦汁与之接触，就会产生令人不快的酵母特性和异味。在剩余的调理时间内，将啤酒转移到一个干净的二级发酵罐中，这样可以产生额外的沉淀，并有时间让年轻啤酒中的风味成熟。